Nástroje konfigurácie
Yubikey má dve „medzery“ (slot), tú prvú dodáva Yubico konfigurovane vlastným cloudom. Práve preto svoj kľúč nie je potrebné vysielať, on už tam je. Pomocou nástroja konfigurácie to samozrejme dokážeme prepísať novým kľúčom, alebo si môžeme zvoliť iný spôsob overovania (napr. statické heslo, alebo používanie v móde OATH, či Challange Response). Pokiaľ na tom však nechceme meniť, použime druhý slot. Aplikácia zbehne na každom populárne užívanom operačných systémoch Windows, Linux a OS X.